Công ty Cổ phần Môi trường Bình Định tiền thân là Phòng Quản lý nhà đất và Công trình công cộng thị xã Quy Nhơn, được thành lập vào năm 1975 sau ngày đất nước hoàn toàn giải phóng. Năm 1982, UBND thị xã Quy Nhơn cho thành lập Ban công trình công cộng thị xã Quy Nhơn. Tháng 7/1986, thị xã Quy Nhơn được Chính phủ nâng cấp lên thành Thành phố đô thị loại II, Ban công trình công cộng thị xã Quy Nhơn cũng đổi tên thành Công ty Công trình đô thị Quy Nhơn. Năm 1998, do nhu cầu quản lý đô thị và phát triển của thành phố, Công ty Công trình đô thị Quy Nhơn được tách thành 3 doanh nghiệp hoạt động công ích trực thuộc UBND thành phố Quy Nhơn gồm: Công ty Môi trường đô thị Quy Nhơn, Công ty Công viên cây xanh và Chiếu sáng đô thị, Công ty Quản lý sữa chữa đường bộ Quy Nhơn.
Năm 2007, thực hiện Quyết định số 85/2005/QĐ-TTg ngày 21/4/2005 của Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt điều chỉnh phương án sắp xếp đối với doanh nghiệp nhà nước thuộc UBND tỉnh Bình Định, Nghị định số 95/2006/NĐ-CP ngày 08/9/2006 của Chính phủ về chuyển đổi doanh nghiệp nhà nước, Công ty Môi trường đô thị Quy Nhơn được chuyển đổi thành Công ty TNHH Môi trường đô thị Quy Nhơn và chính thức đi vào hoạt động từ ngày 01/7/2007 theo Quyết định số 14/QĐ-UBND ngày 09/01/2007 của UBND tỉnh Bình Định.
Ngày 16/12/2014, thực hiện Quyết định số 3401/QĐ-UBND ngày 09/10/2014 về việc phê duyệt phương án cổ phần hóa Công ty TNHH Môi trường đô thị Quy Nhơn, Công ty Cổ phần Môi trường đô thị Quy Nhơn chính thức hoạt động.
Ngày 16/11/2020, Công ty Cổ phần Môi trường đô thị Quy Nhơn đổi tên thành Công ty Cổ phần Môi trường Bình Định (theo đề án chuyển đổi được Ủy ban nhân dân tỉnh Bình Định phê duyệt tại quyết định số 2627/QĐ-UBND ngày 1/7/2020).